中国科学院南京土壤研究所所级数据中心
先锋植物基因组数据
数据提供者:黄盖等 (中国科学院遗传与发育生物学研究所)
数据共享方式: 在线
基本信息
主题词: 刺田菁;基因组
主题分类: 土壤农业数据库
学科类别: 生物学、基因组学
doi号: 10.11666/102428.soil.db
数据产出论文: doi: 10.1002/advs.202502600
数据来源项目: 耐盐碱适生作物/植物品种创制
数据时间: 2024年-2025年至
时间分辨率:
空间分辨率: 十米级
数据空间投影:
数据使用: 数据量:607MB 浏览量:127人次 下载次数:2人次
详细描述

数据内容: 为了探索刺田菁的基因组进化和耐盐机制,我们使用PacBio HiFi测序数据(平均读长>15 kb)组装了高耐盐刺田菁SbTA02和盐敏感刺田菁品系SbSA44的高质量基因组。SbTA02和SbSA44基因组的大小分别为1090 Mb和1094 Mb。这些组装分别由10个contig和9个contig构成,SbTA02和SbSA44各自的六对染色体被成功组装。基因组组装显示出高完整性,SbSA44的LTR组装指数为16.7-17.3,碱基质量值为51.8(单碱基准确率99.9993%),SbTA02为55.2(99.9997%)。预测SbTA02和SbSA44分别含有48,835和48,575个蛋白编码基因。我们使用BUSCO评估了基因组的完整性,两者的基因组完整性得分均为99.2%。

数据类型: 其他

数据文件格式: FASTA

数据生产方式: 数字化加工

数据生产或加工方法: 基因组组装

数据质量信息: 基因组级

知识产权

文献引用方式: Huang, G., Wang, X.F., Liu, C.L., He, K.X., Hou, X.L., Luo, H.F., Zhang, S.B., You, C.Q., Jia, Y.J., Wang, F.Q., et al. (2025). Genomic variation underpins genetic divergence and differing salt resilience in Sesbania bispinosa. Adv Sci 12, e02600. 10.1002/advs.202502600.

数据使用声明中文: 数据来源于中国科学院南京土壤研究所土壤科学数据中心(http://data.issas.ac.cn/)

数据使用声明英文: Soil Science Data Center, Institute of Soil Science, Chinese Academy of Sciences (http://data.issas.ac.cn/)

数据共享

共享方式: 在线

数据联系信息

联系人: 黄盖

联系人电话: 010-64806632

联系人邮箱: ghuang@genetics.ac.cn

数据分发单位: 中国科学院南京土壤研究所

分发单位地址: 江苏省南京市江宁区麒麟街道创优路298号

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